El Consejo Regional funciona en sesiones ordinarias y extraordinarias. Las sesiones ordinarias se efectuan, a lo menos, una vez al mes y en ellas puede abordarse cualquier asunto de la competencia del Consejo.

En las sesiones extraordinarias sólo pueden tratarse los asuntos incluidos en la convocatoria. Las sesiones ordinarias y extraordinarias son públicas, su convocatoria se efectúa conforme lo determina el reglamento, el que también establece los casos y oportunidades en que el Consejo se debe constituir en sesión secreta.

Para un mejor y eficiente ejercicio de sus funciones cuenta con comisiones de trabajo, cuyo objetivo es conocer, estudiar y pronunciarse sobre materias propias de su competencia y organización interna. Cuentan con asesoría profesional, técnica y administrativa, tanto del Gobierno Regional, servicios públicos dependientes como asesorías profesionales propias.

Las comisiones están integradas indistintamente por un mínimo de cinco Consejeros, con excepción de la Comisión de Régimen Interno y comisiones provinciales. Cada Consejero puede formar parte de tres comisiones como máximo, sin perjuicio de participar en las restantes con derecho a voz.

Las comisiones permanentes son:

• Comisión de Hacienda y Control de Gestión
• Comisión de Infraestructura, Ordenamiento Territorial, Patrimonio Regional, Medioambiente y Desarrollo Regional.
• Comisión Social, Educación, Participación Ciudadana, Deportes y Cultura
• Comisión de Fomento Productivo
• Comisión de Régimen Interno
• Comisión de Medio Ambiente, Áreas Silvestres Protegidas y Humedales